Programi i Politikës së Jashtme dhe Bashkëpunimit Rajonal për Siguri është një tjetër program tematik afatgjatë i QKSS, i cili është themeluar në vitin 2011 dhe është modifikuar vazhdimisht që atëherë. Ky program mbulon tema të ndryshme si: mosmarrëveshjet bilaterale në rajonin e BP me fokus të veçantë në dialogun ndërmjet Kosovës dhe Serbisë; drejtësisë tranzicionale dhe pajtimi në rajon; diplomacia publike; fushatat dezinformuese; bashkëpunimin dypalësh, rajonal dhe ndërkombëtar të sigurisë; zgjidhjen e konflikteve dhe ndërtimin e paqes dhe migrimin. Ky program shërben gjithashtu duke pasur parasysh një gamë të gjerë temash të cilat janë në thelb të rëndësishme si për t'i shërbyer një të mire publike, por edhe për zgjerimin e ekspertizës së organizatës në temat me interes hulumtues. Ky program pritet të zhvillohet nga:
