Qeverisja e Mirë në Sektorin e Sigurisë (i njohur shkurt si Programi i Qeverisjes së Mirë) përfaqëson programet më të vjetra të QKSS. Ai trajton thelbin e qëllimit të organizatave në drejtim të demokratizimit dhe zhvillimit të sektorit të sigurisë në Kosovë. Ky program mbulon një gamë të gjerë çështjesh të lidhura me sigurinë si: sundimi i ligjit; ndërtimi i integritetit; të drejtat e njeriut; çështjet gjinore; integrimi i pakicave; mbikëqyrjen parlamentare dhe marrëdhëniet ndërmjet shoqërisë civile dhe institucioneve të sigurisë. Me zhvillimin e sektorit të sigurisë dhe sfidat e shfaqura në lidhje me integritetin institucional, programi synohet të ridizajnohet për të përmbushur kërkesat e reja. Duke kombinuar mënyrat dhe mjetet, ky program zhvillohet me anë të:
Programi do të jetë ndërdisiplinor, kështu që në masë të madhe do të ndërlidhet me programin metodologjik të Barometrit të Sigurisë.